章十九
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穆宗
穆宗契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝，讳载垕，世宗第三子也。母杜康妃。嘉靖十八年二月封裕王，与庄敬太子、景恭王同日受册。已而庄敬薨，世宗以王长且贤，继序已定，而中外危疑，屡有言者，乃令景王之国。
四十五年十二月庚子，世宗崩。壬子，即皇帝位。以明年为隆庆元年，大赦天下。先朝政令不便者，皆以遗诏改之。召用建言得罪诸臣，死者恤录。方士悉付法司治罪。罢一切斋醮工作及例外采买。免明年天下田赋之半，及嘉靖四十三年以前逋赋。释户部主事海瑞于狱。是年，土鲁番入贡。
隆庆元年春正月丙寅，罢睿宗明堂配享。戊辰，复郑王厚烷爵。丁丑，追尊母康妃为孝恪皇太后。二月戊子，祭大社大稷。乙未，册妃陈氏为皇后。吏部侍郎陈以勤为礼部尚书兼文渊阁大学士，礼部侍郎张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，预机务。三月壬申，葬肃皇帝于永陵。乙酉，土蛮犯辽阳，指挥王承德战殁。夏四月丙戌朔，享太庙。丙午，禁属国毋献珍禽异兽。丁未，御经筵。五月己未，黄河决口工成。辛酉，祀地于北郊。丁丑，高拱罢。六月戊戌，以霪雨修省，素服避殿，御皇极门视事。是月，新河复决。秋七月辛巳，招抚山东、河南被灾流民，复五年。八月癸未朔，释奠于先师孔子。九月乙卯，俺答寇大同，诏严战守。癸亥，俺答陷石州，杀知州王亮采，掠交城、文水。壬申，土蛮犯蓟镇，掠昌黎、卢龙，至于滦河。诏宣大总督侍郎王之诰还驻怀来，巡抚都御史曹亨驻兵通州。甲戌，郭朴致仕。免襄阳、郧阳被灾秋粮。乙亥，总兵官李世忠援永平，与敌战于抚宁，京师戒严。冬十月丙戌，寇退，京师解严。甲辰，谕群臣议边防事宜。宁夏总兵官雷龙出塞邀击河套部，败之。十一月癸亥，祀天于南郊。是年，广东贼大起。琉球入贡。
二年春正月己卯，给事中石星疏陈六事，杖阙下，斥为民。二月丁酉，寇犯柴沟堡，守备韩尚忠战死。己亥，耕耤田。丁未，如天寿山，谒长陵、永陵。庚戌，还宫，免所过田租有差。三月辛酉，立皇子翊钧为皇太子，诏赦天下。乙丑，广西总兵官俞大猷讨广东贼。戊辰，赐罗万化等进士及第、出身有差。丙子，幸南海子。戊寅，京师地震，命百官修省。夏六月庚辰，遣使两畿录囚。己丑，广东贼曾一本寇广州，杀知县刘师颜。秋七月己酉，贼入廉州。丙寅，徐阶致仕。冬十月戊寅，免南畿被灾秋粮，振淮、徐饥。己亥，废辽王宪节为庶人。甲辰，免畿内、河南被灾秋粮，十一月壬子，宣府总兵官马芳袭俺答于长水海子，又败之鞍子山。辛酉，免江西被灾税粮，戊辰，祀天于南郊。己巳，命广东、福建督抚将领会剿曾一本。十二月庚寅，世宗神主祔太庙。丁酉，限勋戚庄田。是年，琉球入贡。
三年春正月壬子，大同总兵官赵岢败俺答于弘赐堡。二月庚辰，免陕西被灾秋粮。三月戊辰，曾一本陷碣石卫，裨将周云翔杀参将耿宗元叛，附于贼。夏四月己丑，总兵官雷龙出塞袭河套部，败之。五月庚戌，总兵官郭成等破贼于平山，周云翔伏诛。甲寅，御史詹仰庇请罢靡费，斥为民。秋七月壬午，河决沛县。乙酉，诏天下有司实修积谷备荒之政。壬辰，遣使振沿河被灾州县。八月癸丑，广东贼平，曾一本伏诛。壬戌，礼部尚书赵贞吉兼文渊阁大学士，预机务。丁卯，振南畿、浙江、山东水灾。九月丙子，俺答犯大同，掠山阴、应州、怀仁、浑源。辛卯，大阅。冬十一月甲戌，祀天于南郊。庚辰，京师地震有声，敕修省。十二月己亥，命厂卫密访部院政事。庚申，召高拱复入阁。乙丑，尚宝寺丞郑履淳以言事廷杖下狱。是冬，免两畿、山东、浙江、河南、湖广税粮。是年，陕西贼起。琉球、土鲁番入贡。
四年春正月己巳朔，日有食之，免朝贺。辛未，避殿修省。是月，倭入广海卫城。二月乙丑，分设三大营文武提督六人。夏四月戊戌，京师地震。丙午，俺答寇大同、宣府，官兵拒却之。是月，陕西贼寇四川。五月癸酉，给事中李己谏买金宝，廷杖下狱。秋七月己巳，禁章奏浮冗。命抚、按官严禁有司酷刑。戊子，陈以勤致仕。乙未，免四川被灾税粮。八月庚戌，宣、大告警，敕边备。九月癸酉，陕西水灾，蠲振有差。甲戌，河决邳州。壬午，免北畿、湖广被灾税粮。癸未，寇犯大同，副总兵钱栋战死。戊子，犯锦州，总兵官王治道等战死。甲午，罢京营文武提督，置总督协理大臣。冬十月癸卯，俺答孙把汉那吉来降。丁未，以把汉那吉为指挥使。壬戌，考察给事中、御史。十一月丁丑，俺答乞封。己卯，祀天于南郊。乙酉，赵贞吉罢。己丑，礼部尚书殷士儋兼文渊阁大学士，预机务。十二月丁酉，俺答执叛人赵全等九人来献，诏遣把汉那吉归，厚赐之。乙卯，受俘，磔赵全等于市。
五年春二月甲午，廷臣及朝觐官谒皇太子于文华左门。己未，封皇子翊镠为潞王。三月己卯，赐张元忭等进士及第、出身有差。己丑，封俺答为顺义王。夏四月甲午，河复决邳州。五月壬戌，古田僮贼平。戊寅，李春芳致仕。六月辛卯，京师地震者三，敕修省。甲辰，授河套部长吉能为都督同知。甲寅，顺义王俺答贡马，告庙受贺。丙辰，俺答执赵全余党十三人来献。秋八月癸卯，许河套部互市。九月癸未，三镇贡市成。冬十月己亥，河南、山东大水，申饬河防。十一月己巳，殷士儋致仕。是年，琉球、土鲁番入贡。
六年春正月辛未，筑徐州至宿迁堤三百七十里。二月丙申，倭寇广东，陷神电卫，大掠。山寇复起。闰月丁卯，御皇极殿门，疾作，遽还宫。乙亥，倭寇高、雷，官军击败之。夏四月戊辰，礼部尚书高仪兼文渊阁大学士，预机务。五月壬辰，免广东用兵诸郡逋赋。己酉，大渐，召大学士高拱、张居正、高仪受顾命。庚戌，崩于乾清宫，年三十有六。七月丙戌，上尊谥，庙号穆宗，葬昭陵。
赞曰：穆宗在位六载，端拱寡营，躬行俭约，尚食岁省巨万。许俺答封贡，减赋息民，边陲宁谧。继体守文，可称令主矣。第柄臣相轧，门户渐开，而帝未能振肃乾纲，矫除积习，盖亦宽恕有余，而刚明不足者欤！
<b>译文</b>
穆宗契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝朱载垕，明世宗第三子。其母为杜康妃。
嘉靖十八年(1539)二月封为裕王，与庄敬太子、景恭王同一天受册封。不久，庄敬太子死去，世宗因裕王年长并且有才能，被定为皇位的继承人，然而，朝中内外猜忌怀疑，经常有人谈论此事，世宗于是命令裕王前往封国。
嘉靖四十五年(1566)十二月十四日，明世宗死。二十六日，朱载篨即皇帝位。以第二年为隆庆元年，大加赦免。不适合本朝的前朝政令均因遗诏改变。下诏任用因提建议而得罪的诸位大臣，已死去的加以抚恤记功。方士全部交给法官治罪，停止一切斋戒工作及额外采办买卖。减免明年天下田赋的一半，以及直到嘉靖四十三年(1564)以前欠交赋税。户部主事海瑞释放出狱。这年，土鲁番来朝进贡。
隆庆元年(1567)正月十日，停止睿宗明堂附祭。十二日，恢复郑王朱厚烷爵位。二十一日，追尊其母康妃为孝恪皇太后。二月二日，祭大社大稷。九日，册立陈妃为皇后，吏部侍郎陈以勤为礼部尚书兼文渊阁大学士，礼部侍郎张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，参与军国大事。三月十七日，安葬肃皇帝于永陵。三十日，土蛮侵犯辽阳，指挥王承德战死。
四月一日，祭奉太庙。二十一日，禁止属国进献珍禽异兽。二十二日，去讲席听讲经论史。五月五日，黄河决口筑好完工。七日，去北郊祭地。二十三日，高拱停职。六月十五日，因久雨而修身反省，穿素服避开正殿，到皇极门处理政事。这一月，新修成的黄河堤决口。
七月二十八日，招抚山东、河南受灾流民，免除五年徭役。八月初一日，隆重祭奠先师孔子。九月四日，俺答侵犯大同，下诏严格战事守备。十二日，俺答攻陷石州，杀石州知州王亮采，夺取交城、文水。二十一日，土蛮侵犯蓟镇，掳掠昌黎、卢龙，直到滦河。命令宣府、大同总督侍郎王之诰回驻怀来，巡抚都御史曹亨驻兵通州。二十三日，郭朴辞官退职。减免襄阳、郧阳受灾秋粮。二十四日，总兵官李世忠救援永平，与俺答激战于抚宁，京师戒严。
十月五日，俺答退兵，京师解严。二十三日，告诉群臣商议边防事宜。宁夏总兵官雷龙出塞拦击河套诸部，大败河套各部。十一月十二日，在南郊祭天。
当年，广东盗贼大起，琉球入朝进贡。
隆庆二年(1568)正月九日，给事中石星陈奏六件大事，被杖于宫前阶下，贬为平民。二月十七日，俺答侵犯柴沟堡，守将韩尚忠战死。十九日，耕种謖田。二十七日，到天寿山去，拜谒长陵、永陵。三十日回宫，减免所过地方田租各有差别。三月十一日，立皇子朱翊钧为皇太子，下诏赦免天下。十五日，广西总兵官俞大猷征讨广东盗贼。十八日，赏赐罗万化等进士及第、出身各有不同。二十六日，巡幸南海子。二十八日，京师发生地震，命百官修身反省。
广东贼曾一本侵犯广州，杀知县刘师颜。
七月二日，盗贼进入廉州。十九日，徐阶辞官退职。
十月三日，减免南畿受灾秋粮，赈救淮、徐州饥荒。二十四日，废辽王朱宪火节为庶人。二十九日，免畿内、河南受灾秋粮。十一月七日，宣府总兵官马芳在长水海子袭击俺答，又在鞍子山打败俺答。十六日，减免江西受灾税粮。二十三日，在南郊祭天。二十四日，命令广东、福建督抚将领一起征剿曾一本。十二月十六日，世宗神牌附祭于太庙。二十三日，规定并限制勋戚庄田数目。
这年，琉球入朝进贡。
隆庆三年(1569)正月八日，大同总兵官赵岢在弘赐堡打败俺答。二月六日，免陕西受灾秋粮。三月二十四日，曾一本攻陷碣石卫，副将周云翔杀参将耿宗元反叛，依附于曾一本。
四月十六日，总兵官雷龙出塞袭击河套诸部并打败河套各部。五月七日，总兵官郭成等在平山打败曾一本，周云翔被杀。十一日，御史詹仰庇请求停止奢侈费用，被驱除为民。
七月十一日，沛县黄河决堤。十四日，下诏天下官吏整治积蓄粮食以备荒年之政事。二十一日，派使者沿黄河赈济受灾州县。八月十二日，广东贼被平定，曾一本伏诛。二十一日，，礼部尚书赵贞吉兼文渊阁大学士，参与机要事务。二十六日，赈救南畿、浙江、山东水灾。九月六日，俺答侵犯大同，掳掠山阴、应州、怀仁、浑源。二十一日，大肆检阅。
十一月五日，在南郊祭天。十一日，京师地震发出声响，命令修身反省。十二月一日，命令厂卫秘密探访部院政事。二十二日，召高拱再次入阁。二十七日，尚宝寺丞郑履淳因谈论政事被廷杖下狱。当年冬天，免两畿、山东、浙江、河南、湖广税粮。
这年，陕西盗贼大起。琉球、土鲁番入朝进贡。
隆庆四年(1570)正月一日，有日食，免朝贺。初三日，避开正殿修身反省。本月，倭寇入侵广海卫城。二月二十七日，分设三大营文、武提督六人。
四月一日，京师发生地震。九日，俺答侵犯大同、宣府，官兵击退俺答。这月，陕西盗贼侵犯四川。五月六日，给事中李己进谏买金银宝物，遭廷杖下狱。
七月三日，禁止奏章空洞冗长。命令抚、按官员严禁官吏施行酷刑。二十二日，陈以勤辞官退职。二十九日，减免四川受灾税粮。八月十五日，宣府、大同报警，命令防备边境。九月八日，陕西发生水灾，减免税粮及赈恤各有不同。九日，邳州黄河决堤。十七日，减免北畿、湖广受灾后应交税粮。十八日，俺答又侵掠大同，副总兵钱栋战死。二十三日，侵犯锦州，总兵官王治道等战死。二十九日，罢免京师营兵文武提督，设置总督协理大臣。
十月九日，俺答孙子把汉那吉前来投降。十三日，以把汉那吉为指挥使。二十八日，考察给事中、御史官。十一月十三日，俺答乞求加封。十五日，在南郊祭天。二十一日，赵贞吉停职。二十五日，礼部尚书殷士儋兼文渊阁大学士，参与机要事务。十二月四日，俺答捉拿叛乱首领赵全等九人进献于朝，下诏遣返把汉那吉，丰厚赏赐给他。二十二日，受俘，赵全等分尸弃市。
隆庆五年(1571)二月二日，群臣及朝觐官在文华殿左门谒见皇太子。二十七日，封皇子朱翊。。为潞王。三月十八日，赐张元忭等进士及第、出身各有不同。二十八日，封俺答为顺义王。
四月三日，邳州黄河再次决口。五月一日，古田僮贼被平定。十七日，李春芳辞官退职。六月一日京师三次发生地震，命令修身反省。十四日，授予河套部部长吉能为都督同知。二十四日，顺义王俺答进贡马匹，告诉宗庙接受庆贺。二十六日，俺答捉拿赵全余党十三人进献给朝廷。
八月十四日，允许河套诸部互市买卖。九月二十四日，修成三镇贡市。
十月十日，河南、山东涨大水，重申整治黄河堤防。十一月十一日，殷士儋辞官退职。
当年，琉球、土鲁番入朝进贡。
隆庆六年(1572)正月十四日，修筑徐州至宿迁堤防三百七十里。二月九日，倭寇侵犯广东，攻陷神屯卫，大肆抢劫。山寇又趁机兴起。闰二月十一日，穆宗到皇极门，疾病发作，便匆匆回到宫中。十九日，倭寇侵犯高、雷等州，被官军击败。
四月十三日，礼部尚书高仪兼文渊阁大学士，参与机要事务。五月八日，减免广东用兵各郡欠交赋税。二十五日，病危，召大学士高拱、张居正、高仪接受遗命。二十六日穆宗死于乾清宫，享年三十六岁。七月三日，上尊谥，庙号穆宗，葬于昭陵。
评论：穆宗在位六年，无为而治，少兴营造，励行勤俭节约，饮食方面每年节省数万开支。同意俺答加封进贡，减免赋税平息民众，边境宁静无事。他即位遵守先代成法，可称为是一个好君主。只是权臣相互间争权夺利，派别之分逐渐兴起，而穆宗并没能挽救并整治朝纲，革除弊习。大概是因为宽恕有余而使朝纲不明罢了。
穆宗
穆宗契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝，讳载垕，世宗第三子也。母杜康妃。嘉靖十八年二月封裕王，与庄敬太子、景恭王同日受册。已而庄敬薨，世宗以王长且贤，继序已定，而中外危疑，屡有言者，乃令景王之国。
四十五年十二月庚子，世宗崩。壬子，即皇帝位。以明年为隆庆元年，大赦天下。先朝政令不便者，皆以遗诏改之。召用建言得罪诸臣，死者恤录。方士悉付法司治罪。罢一切斋醮工作及例外采买。免明年天下田赋之半，及嘉靖四十三年以前逋赋。释户部主事海瑞于狱。是年，土鲁番入贡。
隆庆元年春正月丙寅，罢睿宗明堂配享。戊辰，复郑王厚烷爵。丁丑，追尊母康妃为孝恪皇太后。二月戊子，祭大社大稷。乙未，册妃陈氏为皇后。吏部侍郎陈以勤为礼部尚书兼文渊阁大学士，礼部侍郎张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，预机务。三月壬申，葬肃皇帝于永陵。乙酉，土蛮犯辽阳，指挥王承德战殁。夏四月丙戌朔，享太庙。丙午，禁属国毋献珍禽异兽。丁未，御经筵。五月己未，黄河决口工成。辛酉，祀地于北郊。丁丑，高拱罢。六月戊戌，以霪雨修省，素服避殿，御皇极门视事。是月，新河复决。秋七月辛巳，招抚山东、河南被灾流民，复五年。八月癸未朔，释奠于先师孔子。九月乙卯，俺答寇大同，诏严战守。癸亥，俺答陷石州，杀知州王亮采，掠交城、文水。壬申，土蛮犯蓟镇，掠昌黎、卢龙，至于滦河。诏宣大总督侍郎王之诰还驻怀来，巡抚都御史曹亨驻兵通州。甲戌，郭朴致仕。免襄阳、郧阳被灾秋粮。乙亥，总兵官李世忠援永平，与敌战于抚宁，京师戒严。冬十月丙戌，寇退，京师解严。甲辰，谕群臣议边防事宜。宁夏总兵官雷龙出塞邀击河套部，败之。十一月癸亥，祀天于南郊。是年，广东贼大起。琉球入贡。
二年春正月己卯，给事中石星疏陈六事，杖阙下，斥为民。二月丁酉，寇犯柴沟堡，守备韩尚忠战死。己亥，耕耤田。丁未，如天寿山，谒长陵、永陵。庚戌，还宫，免所过田租有差。三月辛酉，立皇子翊钧为皇太子，诏赦天下。乙丑，广西总兵官俞大猷讨广东贼。戊辰，赐罗万化等进士及第、出身有差。丙子，幸南海子。戊寅，京师地震，命百官修省。夏六月庚辰，遣使两畿录囚。己丑，广东贼曾一本寇广州，杀知县刘师颜。秋七月己酉，贼入廉州。丙寅，徐阶致仕。冬十月戊寅，免南畿被灾秋粮，振淮、徐饥。己亥，废辽王宪节为庶人。甲辰，免畿内、河南被灾秋粮，十一月壬子，宣府总兵官马芳袭俺答于长水海子，又败之鞍子山。辛酉，免江西被灾税粮，戊辰，祀天于南郊。己巳，命广东、福建督抚将领会剿曾一本。十二月庚寅，世宗神主祔太庙。丁酉，限勋戚庄田。是年，琉球入贡。
三年春正月壬子，大同总兵官赵岢败俺答于弘赐堡。二月庚辰，免陕西被灾秋粮。三月戊辰，曾一本陷碣石卫，裨将周云翔杀参将耿宗元叛，附于贼。夏四月己丑，总兵官雷龙出塞袭河套部，败之。五月庚戌，总兵官郭成等破贼于平山，周云翔伏诛。甲寅，御史詹仰庇请罢靡费，斥为民。秋七月壬午，河决沛县。乙酉，诏天下有司实修积谷备荒之政。壬辰，遣使振沿河被灾州县。八月癸丑，广东贼平，曾一本伏诛。壬戌，礼部尚书赵贞吉兼文渊阁大学士，预机务。丁卯，振南畿、浙江、山东水灾。九月丙子，俺答犯大同，掠山阴、应州、怀仁、浑源。辛卯，大阅。冬十一月甲戌，祀天于南郊。庚辰，京师地震有声，敕修省。十二月己亥，命厂卫密访部院政事。庚申，召高拱复入阁。乙丑，尚宝寺丞郑履淳以言事廷杖下狱。是冬，免两畿、山东、浙江、河南、湖广税粮。是年，陕西贼起。琉球、土鲁番入贡。
四年春正月己巳朔，日有食之，免朝贺。辛未，避殿修省。是月，倭入广海卫城。二月乙丑，分设三大营文武提督六人。夏四月戊戌，京师地震。丙午，俺答寇大同、宣府，官兵拒却之。是月，陕西贼寇四川。五月癸酉，给事中李己谏买金宝，廷杖下狱。秋七月己巳，禁章奏浮冗。命抚、按官严禁有司酷刑。戊子，陈以勤致仕。乙未，免四川被灾税粮。八月庚戌，宣、大告警，敕边备。九月癸酉，陕西水灾，蠲振有差。甲戌，河决邳州。壬午，免北畿、湖广被灾税粮。癸未，寇犯大同，副总兵钱栋战死。戊子，犯锦州，总兵官王治道等战死。甲午，罢京营文武提督，置总督协理大臣。冬十月癸卯，俺答孙把汉那吉来降。丁未，以把汉那吉为指挥使。壬戌，考察给事中、御史。十一月丁丑，俺答乞封。己卯，祀天于南郊。乙酉，赵贞吉罢。己丑，礼部尚书殷士儋兼文渊阁大学士，预机务。十二月丁酉，俺答执叛人赵全等九人来献，诏遣把汉那吉归，厚赐之。乙卯，受俘，磔赵全等于市。
五年春二月甲午，廷臣及朝觐官谒皇太子于文华左门。己未，封皇子翊镠为潞王。三月己卯，赐张元忭等进士及第、出身有差。己丑，封俺答为顺义王。夏四月甲午，河复决邳州。五月壬戌，古田僮贼平。戊寅，李春芳致仕。六月辛卯，京师地震者三，敕修省。甲辰，授河套部长吉能为都督同知。甲寅，顺义王俺答贡马，告庙受贺。丙辰，俺答执赵全余党十三人来献。秋八月癸卯，许河套部互市。九月癸未，三镇贡市成。冬十月己亥，河南、山东大水，申饬河防。十一月己巳，殷士儋致仕。是年，琉球、土鲁番入贡。
六年春正月辛未，筑徐州至宿迁堤三百七十里。二月丙申，倭寇广东，陷神电卫，大掠。山寇复起。闰月丁卯，御皇极殿门，疾作，遽还宫。乙亥，倭寇高、雷，官军击败之。夏四月戊辰，礼部尚书高仪兼文渊阁大学士，预机务。五月壬辰，免广东用兵诸郡逋赋。己酉，大渐，召大学士高拱、张居正、高仪受顾命。庚戌，崩于乾清宫，年三十有六。七月丙戌，上尊谥，庙号穆宗，葬昭陵。
赞曰：穆宗在位六载，端拱寡营，躬行俭约，尚食岁省巨万。许俺答封贡，减赋息民，边陲宁谧。继体守文，可称令主矣。第柄臣相轧，门户渐开，而帝未能振肃乾纲，矫除积习，盖亦宽恕有余，而刚明不足者欤！
<b>译文</b>
穆宗契天隆道渊懿宽仁显文光武纯德弘孝庄皇帝朱载垕，明世宗第三子。其母为杜康妃。
嘉靖十八年(1539)二月封为裕王，与庄敬太子、景恭王同一天受册封。不久，庄敬太子死去，世宗因裕王年长并且有才能，被定为皇位的继承人，然而，朝中内外猜忌怀疑，经常有人谈论此事，世宗于是命令裕王前往封国。
嘉靖四十五年(1566)十二月十四日，明世宗死。二十六日，朱载篨即皇帝位。以第二年为隆庆元年，大加赦免。不适合本朝的前朝政令均因遗诏改变。下诏任用因提建议而得罪的诸位大臣，已死去的加以抚恤记功。方士全部交给法官治罪，停止一切斋戒工作及额外采办买卖。减免明年天下田赋的一半，以及直到嘉靖四十三年(1564)以前欠交赋税。户部主事海瑞释放出狱。这年，土鲁番来朝进贡。
隆庆元年(1567)正月十日，停止睿宗明堂附祭。十二日，恢复郑王朱厚烷爵位。二十一日，追尊其母康妃为孝恪皇太后。二月二日，祭大社大稷。九日，册立陈妃为皇后，吏部侍郎陈以勤为礼部尚书兼文渊阁大学士，礼部侍郎张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，参与军国大事。三月十七日，安葬肃皇帝于永陵。三十日，土蛮侵犯辽阳，指挥王承德战死。
四月一日，祭奉太庙。二十一日，禁止属国进献珍禽异兽。二十二日，去讲席听讲经论史。五月五日，黄河决口筑好完工。七日，去北郊祭地。二十三日，高拱停职。六月十五日，因久雨而修身反省，穿素服避开正殿，到皇极门处理政事。这一月，新修成的黄河堤决口。
七月二十八日，招抚山东、河南受灾流民，免除五年徭役。八月初一日，隆重祭奠先师孔子。九月四日，俺答侵犯大同，下诏严格战事守备。十二日，俺答攻陷石州，杀石州知州王亮采，夺取交城、文水。二十一日，土蛮侵犯蓟镇，掳掠昌黎、卢龙，直到滦河。命令宣府、大同总督侍郎王之诰回驻怀来，巡抚都御史曹亨驻兵通州。二十三日，郭朴辞官退职。减免襄阳、郧阳受灾秋粮。二十四日，总兵官李世忠救援永平，与俺答激战于抚宁，京师戒严。
十月五日，俺答退兵，京师解严。二十三日，告诉群臣商议边防事宜。宁夏总兵官雷龙出塞拦击河套诸部，大败河套各部。十一月十二日，在南郊祭天。
当年，广东盗贼大起，琉球入朝进贡。
隆庆二年(1568)正月九日，给事中石星陈奏六件大事，被杖于宫前阶下，贬为平民。二月十七日，俺答侵犯柴沟堡，守将韩尚忠战死。十九日，耕种謖田。二十七日，到天寿山去，拜谒长陵、永陵。三十日回宫，减免所过地方田租各有差别。三月十一日，立皇子朱翊钧为皇太子，下诏赦免天下。十五日，广西总兵官俞大猷征讨广东盗贼。十八日，赏赐罗万化等进士及第、出身各有不同。二十六日，巡幸南海子。二十八日，京师发生地震，命百官修身反省。
广东贼曾一本侵犯广州，杀知县刘师颜。
七月二日，盗贼进入廉州。十九日，徐阶辞官退职。
十月三日，减免南畿受灾秋粮，赈救淮、徐州饥荒。二十四日，废辽王朱宪火节为庶人。二十九日，免畿内、河南受灾秋粮。十一月七日，宣府总兵官马芳在长水海子袭击俺答，又在鞍子山打败俺答。十六日，减免江西受灾税粮。二十三日，在南郊祭天。二十四日，命令广东、福建督抚将领一起征剿曾一本。十二月十六日，世宗神牌附祭于太庙。二十三日，规定并限制勋戚庄田数目。
这年，琉球入朝进贡。
隆庆三年(1569)正月八日，大同总兵官赵岢在弘赐堡打败俺答。二月六日，免陕西受灾秋粮。三月二十四日，曾一本攻陷碣石卫，副将周云翔杀参将耿宗元反叛，依附于曾一本。
四月十六日，总兵官雷龙出塞袭击河套诸部并打败河套各部。五月七日，总兵官郭成等在平山打败曾一本，周云翔被杀。十一日，御史詹仰庇请求停止奢侈费用，被驱除为民。
七月十一日，沛县黄河决堤。十四日，下诏天下官吏整治积蓄粮食以备荒年之政事。二十一日，派使者沿黄河赈济受灾州县。八月十二日，广东贼被平定，曾一本伏诛。二十一日，，礼部尚书赵贞吉兼文渊阁大学士，参与机要事务。二十六日，赈救南畿、浙江、山东水灾。九月六日，俺答侵犯大同，掳掠山阴、应州、怀仁、浑源。二十一日，大肆检阅。
十一月五日，在南郊祭天。十一日，京师地震发出声响，命令修身反省。十二月一日，命令厂卫秘密探访部院政事。二十二日，召高拱再次入阁。二十七日，尚宝寺丞郑履淳因谈论政事被廷杖下狱。当年冬天，免两畿、山东、浙江、河南、湖广税粮。
这年，陕西盗贼大起。琉球、土鲁番入朝进贡。
隆庆四年(1570)正月一日，有日食，免朝贺。初三日，避开正殿修身反省。本月，倭寇入侵广海卫城。二月二十七日，分设三大营文、武提督六人。
四月一日，京师发生地震。九日，俺答侵犯大同、宣府，官兵击退俺答。这月，陕西盗贼侵犯四川。五月六日，给事中李己进谏买金银宝物，遭廷杖下狱。
七月三日，禁止奏章空洞冗长。命令抚、按官员严禁官吏施行酷刑。二十二日，陈以勤辞官退职。二十九日，减免四川受灾税粮。八月十五日，宣府、大同报警，命令防备边境。九月八日，陕西发生水灾，减免税粮及赈恤各有不同。九日，邳州黄河决堤。十七日，减免北畿、湖广受灾后应交税粮。十八日，俺答又侵掠大同，副总兵钱栋战死。二十三日，侵犯锦州，总兵官王治道等战死。二十九日，罢免京师营兵文武提督，设置总督协理大臣。
十月九日，俺答孙子把汉那吉前来投降。十三日，以把汉那吉为指挥使。二十八日，考察给事中、御史官。十一月十三日，俺答乞求加封。十五日，在南郊祭天。二十一日，赵贞吉停职。二十五日，礼部尚书殷士儋兼文渊阁大学士，参与机要事务。十二月四日，俺答捉拿叛乱首领赵全等九人进献于朝，下诏遣返把汉那吉，丰厚赏赐给他。二十二日，受俘，赵全等分尸弃市。
隆庆五年(1571)二月二日，群臣及朝觐官在文华殿左门谒见皇太子。二十七日，封皇子朱翊。。为潞王。三月十八日，赐张元忭等进士及第、出身各有不同。二十八日，封俺答为顺义王。
四月三日，邳州黄河再次决口。五月一日，古田僮贼被平定。十七日，李春芳辞官退职。六月一日京师三次发生地震，命令修身反省。十四日，授予河套部部长吉能为都督同知。二十四日，顺义王俺答进贡马匹，告诉宗庙接受庆贺。二十六日，俺答捉拿赵全余党十三人进献给朝廷。
八月十四日，允许河套诸部互市买卖。九月二十四日，修成三镇贡市。
十月十日，河南、山东涨大水，重申整治黄河堤防。十一月十一日，殷士儋辞官退职。
当年，琉球、土鲁番入朝进贡。
隆庆六年(1572)正月十四日，修筑徐州至宿迁堤防三百七十里。二月九日，倭寇侵犯广东，攻陷神屯卫，大肆抢劫。山寇又趁机兴起。闰二月十一日，穆宗到皇极门，疾病发作，便匆匆回到宫中。十九日，倭寇侵犯高、雷等州，被官军击败。
四月十三日，礼部尚书高仪兼文渊阁大学士，参与机要事务。五月八日，减免广东用兵各郡欠交赋税。二十五日，病危，召大学士高拱、张居正、高仪接受遗命。二十六日穆宗死于乾清宫，享年三十六岁。七月三日，上尊谥，庙号穆宗，葬于昭陵。
评论：穆宗在位六年，无为而治，少兴营造，励行勤俭节约，饮食方面每年节省数万开支。同意俺答加封进贡，减免赋税平息民众，边境宁静无事。他即位遵守先代成法，可称为是一个好君主。只是权臣相互间争权夺利，派别之分逐渐兴起，而穆宗并没能挽救并整治朝纲，革除弊习。大概是因为宽恕有余而使朝纲不明罢了。